Lahir di Padang, Sumatera Barat, Gotot Prakosa menghabiskan seluruh pendidikan awalnya di sekolah Taman Siswa (dari Taman Kanak-kanak hingga menengah) sebelum masuk Sekolah Senirupa Indonesia (1972-1974) lalu menekuni ilmu Sinematografi di Institut Kesenian Jakarta (1978). Seni rupa dan terutama seni lukis adalah pijakan pertamanya sebelum terjun ke film dan kemudian berpengaruh pada fokus karya-karyanya, animasi dan eksperimental.
Sebelum masuk ke IKJ, karya-karya animasi dan eksperimentalnya sudah mendapat penghargaan pada Festival Film Mini yang diselenggarakan oleh Dewan Kesenian Jakarta (1976-1980). Selepas dari pendidikannya di IKJ, pria yang terkenal dengan keramahan sekaligus lugas itu mengabdi sebagai pengajar di almamaternya sambil terus melukis, membuat film, dan menulis buku tentang film, wayang, dan fiksi. Ia sempat mengikuti workshop animasi di Filipina, Swiss, dan Jerman. Karya-karya animasi dan ekperimentalnya (film dan video) antara 1974 - 1984 menjadi koleksi yang dipreservasi oleh National Library of Australia.
Selain aktivitas sebagai akademisi dan seniman, Gotot juga terlibat aktif berorganisasi: Wakil Ketua Bidang Humas dan Luar Negeri KFT (1992-1995), Anggota ASIFA (Association Internationale du Film d'Animation, Perancis) dan Presiden ASIFA sejak 2006, Ketua Komite Film Dewan Kesenian Jakarta (2002-2006), Direktur Yayasan Seni Visual Indonesia (2003-...), dan masih banyak lagi. Secara rutin menjadi juri di berbagai festival film dan pembicara di berbagai seminar tentang film. Tahun 2004, Gotot menyelesaikan pendidikan master di Universitas Gajah Mada, Yogyakarta. Pada 2008 terpilih menjadi Dekan FFTV-IKJ untuk periode 2008-2012. Pada tahun yang sama dengan sebuah film dokumenter musikal berjudul Kantata Takwa dirilis. Film karya Gotot Prakorsa bersama Eros Djarot ini akhirnya dapat dinikmati publik setelah 17 tahun sejak di Konser Akbar Kantata Takwa tahun 1991.